Tijdens de eerste jaren van de moderne federatie was er een duidelijke scheiding en verdeling van bevoegdheden tussen het federale niveau, de kantons en de gemeenten. Deze duidelijke verdeling van verantwoordelijkheden werd later echter tenietgedaan door de mechanismen van intensieve samenwerking tussen de drie niveaus van het federale systeem. De complexiteit van moderne infrastructuur, economische interventie en sociale programma’s stimuleerde de voltooiing van federale wetgeving door de kantons, de uitvoering van federale programma’s door kantonnale en lokale autoriteiten, en uitgebreide financiering en het delen van inkomsten. Zo is een netwerk van verticale en horizontale samenwerking tussen de drie niveaus tot stand gekomen.
Implementatie
Het grootste deel van het federaal beleid wordt uitgevoerd door de kantons en de gemeenten. Zo hebben de kantons niet alleen hun eigen bevoegdheden en verantwoordelijkheden, maar hebben ze ook de mogelijkheid om de uitvoering van het federale beleid te beïnvloeden. Er is geen parallelle federale administratie met eigen agentschappen of rechtbanken opgericht. Deze vorm van samenwerking tussen de federatie en de kantons is omstreden. In het verleden was de federale wetgeving vrij algemeen van aard, waardoor de kantonnale implementatie veel vrijheid had. Vandaag, wanneer een uniforme implementatie vereist is, is de federale wetgeving gedetailleerder en moeten kantonnale actoren aan de federale autoriteiten rapporteren over de implementatie ervan. Kantons zijn dan ook doorgaans van mening dat hun autonomie in gevaar komt als de federale wetgeving te gedetailleerd is, waardoor ze geen speelruimte hebben bij de uitvoering en dus leidt tot informele centralisatie. Kantons beschouwen het recht om anders te zijn als een centraal element van federalisme.
Verticale samenwerking
Naast de verticale samenwerking tussen het federale en het kantonnale niveau door de implementatie van federale wetten door de kantons, zijn er nog andere vormen van verticale samenwerking. Als gevolg van internationalisering en globalisering zijn buitenlandse betrekkingen een belangrijk voorbeeld geworden van verticale samenwerking tussen de kantons en de federale overheid. De laatste tijd zijn er nieuwe vormen van samenwerking geïntroduceerd, die alle drie de bestuursniveaus omvatten: de Tripartite Agglomerations Conference is een politiek platform van de federatie, de kantons en de steden. Het is ontworpen om politieke oplossingen voor te bereiden voor de problemen van steden, met name grote agglomeraties zoals Zürich en Genève, die de kantonnale of zelfs nationale grenzen overstijgen.
Horizontale samenwerking
De kantons hebben het recht en worden aangemoedigd om onderling samen te werken. Vandaag zijn er meer dan 700 interkantonnale verdragen op verschillende beleidsterreinen; de meeste hiervan worden echter alleen tussen twee kantons gesloten. Het betreft voornamelijk financiën en belastingen, onderwijs, politie, infrastructuur en gezondheid. Voor deze specifieke beleidsterreinen zijn er al lang geleden verschillende ministersconferenties van de kantons (bv. onderwijs, politie, gezondheid, financiën). Een jongere instelling voor horizontale samenwerking is de Conferentie van de regeringen van de kantons, een conferentie van alle leidinggevenden van de kantons. Het heeft onder meer tot doel gemeenschappelijke kantonnale standpunten te ontwikkelen tegenover de federale overheid, met name op het gebied van buitenlands beleid. Aangezien de conferentie geen bindende richtlijnen kan uitbrengen, maar alleen aanbevelingen, is zij afhankelijk van consensus tussen de kantons.